ZU Zeni-lijek u svom sastavu broji 19 organizacionih jedinica koje posluju na području Zeničko-dobojskog kantona i Kantona Sarajevo.
- Apoteka Masarykova
- Apoteka Crkvice
- Apoteka Mokušnice
- Apoteka Jalija
- Apoteka Babina rijeka
- Apoteka Perin Han
- Apoteka Tetovo
- Apoteka Gračanica
- Apoteka PSC (Poslovno sportski centar)
- Apoteka Blatuša
- Depo Vozuća
- Apoteka Nemila
- Depo Orahovica
- Apoteka Dom Zdravlja Zavidovići
- Apoteka Gradska Zavidovići
- Apoteka Galen i Laboratorij Galen
- Apoteka Vogošća
- Apoteka Podlugovi
- Apoteka Grbavica